参考文献生成器在线()

作者:杰弗里·m·佩克尔

一系列参考文献管理软件可以帮助研究人员整理论文和资助申请的引用情况，并将这些文档与同行分享。

像参考管理软件这样的实用工具可以让用户产生很大的反响。以本·戈德阿克里医生为例。他在自己的推特上至少五次提到Paperpile(一款与谷歌文档高度集成的订阅文档管理器)，称赞它“太棒了”、“太棒了，史上最好的”、“简单易用，让人不敢相信”。Goldacre是英国牛津大学循证医学中心数据实验室的主任。他解释说，“纸堆不会让我那么频繁地想打自己的脸，因为我是出于愤怒。这是我第一次使用这样的文档管理器。它是杰出和完美的。”

这是因为Paperpile非常符合Goldacre团队的工作流程。参考文献管理软件，也称为引文管理器，可以执行一系列相互关联的功能:搜索文档，存储和整理论文及其补充材料的PDF文件，生成参考文献，培养合作关系。这样的软件有几十种，比如EndNote、Mendeley Reference Manager、ReadCube Papers、RefWorks、Sciwheel、Zotero等。(ReadCube Papers由Digital Science提供支持，Digital Science是《自然》的出版商Springer Nature的大股东Holzbrink出版集团的成员。)

Goldacre的团队使用Google Docs共同撰写文章，因此对他来说，Paperpile和Google的无缝连接使他将选择的天平向这款软件倾斜。对于研究微生物组如何影响怀孕的博士生Emily Wissel来说，与其他选项相比，Zotero的免费和开源特性让她眼红。

为了在美国埃默里大学的博士项目中取得进展，Wissel需要通过该系要求的资格考试。当时，她在引用方面遇到了困难。她之前一直使用Google学术搜索，但是它只能导出少数参考文献的引用格式，她的考试会使用Google学术不支持的格式。Wissel没有时间学习使用新软件，所以她求助于在线参考生成器，“尽可能少地引用，以减轻她的痛苦”。几周后，在一名大学图书馆员的建议下，她开始使用Zotero在一本在线杂志上插入引文。当时她在推特上感慨:“为什么我今天才开始用引文管理器？”

基本功能

迈克尔·弗兰卡维拉(Michael Francavilla)是美国费城儿童医院放射科的儿科医生。他将文档管理器作为电子大脑——它可以存储他从自己处理过的案例中学到的东西，也可以存储可以与患者和实习生分享的可视化信息。“有没有这种软件，天壤之别。”他说。

Francavilla在2018年发表的综述(M.L. Franca Villa Pedia Tr。放射性物质48，1393–1398；2018)，列出了选择文档经理时应考虑的一些基本指标(各文档经理的评价汇总见附表)。这些变量包括:成本、云存储的限制、操作系统兼容性、对PDF文件添加评论的支持。

一般来说，文献管理器是一个桌面应用程序，具有相应的网络接口，允许研究人员远程访问他们的个人“学术文献库”，即已排序的参考文献列表及其PDF文件。此外，用户可以通过浏览器插件轻松地从杂志页面或其他在线来源导入参考资料。一些文档管理器(包括Paperpile、RefWorks和Sciwheel)完全基于web，这意味着用户不需要安装或云同步。它们大多提供移动应用程序，允许用户在智能手机或平板电脑上阅读和添加文档。

朱莉安娜·苏亚雷斯·利马是巴西塞阿拉联邦大学的参考馆员。她也是门德利的软件顾问，就是自愿为门德利文档管理器做本地推广工作。在使用其移动应用时，Lima发现它可以方便地保存她在Twitter上找到的文献，这对她的博士论文很有帮助(其他文献管理器也有这个功能)。”这个软件有助于跟踪学术界新出版和分类的文献.”她说。

大多数文档管理器允许用户通过使用文件夹和标签来管理他们自己的文档库，也可以通过作者姓名、关键字、文本和注释来搜索。内置的PDF查看器允许用户浏览文件，并通过突出显示关键段落和做笔记来注释文件。外部搜索功能允许用户从PubMed或Google Academics等地方导入文章，或者以Mendeley为例，它有一个超过1亿篇论文的特殊目录。Read Paper提供了一种叫做“增强PDF”的体验，使用补充材料和超链接来完善PDF文件。

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有些文档管理工具会根据用户文档库中已有的内容，推荐用户可能感兴趣的论文。Sciwheel可以在搜索中标记由一个名为“教员意见”的评级服务推荐的文章，也可以根据作者正在撰写的文本提出建议。RefWorks集成了一个名为Leganto的文献推荐工具，用户可以直接将准备好的阅读清单导入到RefWorks的文献数据库中。Zotero提供的插件通过open access数据库Unpaywall搜索PDF文件。Zotero还与博客撤回观察合作，因此它可以标记已被撤回的论文。ReadCube也有这个功能。据Ex Libris的产品经理Shalhevet Bar-Asher称，RefWorks正在增加Unpaywall的集成。阿里贝斯集团是RefWorks的开发商，总部位于以色列耶路撒冷。

文档管理器主要是组织管理工具，但对于很多用户来说，其真正不可或缺的功能与组织管理无关。

例如，文档管理器和文字处理软件的集成允许用户在写作时找到引文并将其插入文档中；此外，用户只需点击鼠标，就可以创建参考书目，并将其排版成数千种期刊格式中的任何一种。如果没有这样的工具，哪怕是微小的改动都有可能让稿件变得一塌糊涂，更别说为不同期刊改变论文格式了。“那可能真的像一场噩梦。”乌干达布斯特马大学的生物化学家雅哈亚·加瓦穆库利亚说。

Gillian Neff是美国费城Clarivate的EndNote桌面版产品经理。据她介绍，这个软件从1993年就开始为微软Word提供插件。许多其他产品也纷纷效仿:Paperpile、Sciwheel、Zotero、ReadCube Papers和RefWorks都支持Google Docs，其中后两者和Mendeley Document Manager还支持web版的Word。Sciwheel正在开发这个功能。

北卡罗来纳大学教堂山分校的图书馆员Barbara Rochen Renner认为，文档管理器为团队工作提供的支持变得越来越重要。“我肯定会强烈建议研究人员考虑一种产品在他们所做的、期望做的或希望做的合作中能对他们有多大帮助。”

通常，文献管理器允许研究人员与同行共享他们的整个文献数据库或其中的一部分，这在他们以团队或共享知识库的形式一起写论文时可以派上用场。卢森堡大学的肖恩·塔卡茨自2006年以来一直负责Zotero的开发。据他介绍，截至今年5月，Zotero用户已经创建了大约200万个公共和私人群组。像PDF文件这样的附件共享一般是为私人团队保留的。这些小组的规模从Mendeley的25人到Sciwheel的150人不等，而Paperpile、RefWorks和Zotero的小组规模没有上限。

Sciwheel的执行董事蒂亚戈·巴罗斯说，除了文档共享，他们的软件还包括项目共享、论文共享和稿件版本控制等功能。另外，据ReadCube Papers和EndNote的公司代表透露，他们的产品正在开发参考库中添加话题讨论的功能。因为新冠肺炎疫情，“正是大家需要齐新一起做研究的时刻，即使不能挨着坐，我们也要做。”内夫说。

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文档管理器每个功能的重要性因人而异。2018年，Renner与他人合著了一篇论文(L. Murphree et al. Med。参考文献。服务问题37，219–233；2018)展示了不同用户对同一软件的不同功能需求。比如医生比较重视的功能可能包括通过移动终端访问，以及下班后可以使用的参考图书馆，而wet实验室的科研人员则更喜欢团队写作、文献推荐、程序离线使用等功能。

对于Gavamukulya来说，选择文档管理器主要看成本。在写硕士论文的时候，他尝试过EndNote，但是因为Mendeley可以满足他的需求，而且是免费的，所以最终选择了后者。“重要的是，它集成了不同的文字处理器，很容易用它从互联网上导入参考文献。”Gavamukulya说他现在也是门德利的软件顾问。

Francavilla使用他的部门选择的文件管理软件SCI Wheel。这是一个基于价格和实用性的决定:因为Sciwheel是一个基于web的工具，团队成员可以随时随地使用它，而无需安装它。然而，他向别人推荐的是Mendeley:它像Zotero一样是免费的，但它也提供2GB的网络存储空房间(Zotero将附件大小限制在300MB，用户每年至少支付20美元就可以获得额外的存储空房间)。

至于那些只想创建参考列表的研究人员，他们还有其他选择:BibTeX用于LaTeX排版系统生成的文档，而基于GitHub的写作工具Manubot用于Markdown编写的文档。

此外，还有一个在线参考生成器。例如，免费的web工具ZoteroBib允许用户从近10，000种期刊格式中选择一种来建立文献列表并进行排版，然后他们可以将结果复制到剪贴板或直接发布到互联网上。

选择参考管理工具时，请考虑您和您的合作伙伴的工作流程。其他要考虑的因素是易用性、客户支持以及在不同软件之间传输数据的难度。伦纳的建议是咨询图书管理员。“如果你是一个新手，而且你不是那种凡事都喜欢独来独往的人，那么你很可能想知道你能得到哪些支持，哪些是免费的，大多数实验室都使用哪些工具。”